Allgemein: VCF-Export für die gefilterte Liste hinzugefügt.
Filter: Genotype-Filter hinzugefügt.
IGV: HGMD/ClinVar/mappability wird jetzt automatisch geladen.
IGV: Variantenliste und "low coverage" BED-Datei der Probe können optional in IGV geladen werden.

Allgemein: Änderungen für neue Annotationspipeline.
Allgemein: Implementierung flexiblerer Variantenfilter.
Allgemein: Option zum Splitten der Qualitätsspalte beim Kopieren von Varianten hinzugefügt.
Report-Dialog: Befund kann in der NGSD aktualisiert werden ohne einen Report zu erzeugen.
Report: Enthält die Liste der komplett abgedeckten Gene (falls eine Genliste hinterlegt ist).

Trio-Analyse: BAM-Files aus dem Sample-Ordnern werden jetzt in IGV geöffnet (die neue Trio-Pipeline erstellt keine eigenen BAm-Files).

Allgemein: Zeilenumbrüche in Kommentaren beim Kopieren von Varianten in die Zwischenablage entfernt.
Validation-Dialog: Qualitätsinformationen hinzugefügt (rot wenn schlecht).
Report-Dialog: Reportergebnis hinzugefügt.

Allgemein: Beim Kopieren von Varianten in die Zwischenablage werden Zeilenumbrüche durch ein Leerzeichen ersetzt.
Report: Änderung wegen neuer 'quality' Annotation in der Variantenliste.

Allgemein: Menüeintrag in GSvar hinzugefügt um HGMD-Varianten in IGV anzuzeigen.
Allgemein: Validierungsdialog hinzugefügt (mit Status und Kommentar).
SampleInformation-Dialog: KASP-Ergebnisse werden angezeigt.
Report: Duplikate in der Genliste werden entfernt.

Allgemein: Die Verbindung zur NGSD wird jetzt öfter neu aufgebaut, um Fehler zu vermeiden wenn der DB-Server neu gestartet wird etc.
Allgemein: Varianten mit VUS-Klassifizierung "3" werden jetzt orange gefärbt statt rot.
Allgemein: GPD-Informationen werden jetzt annotiert and sind verlinkt mit dem Webinterface.
SampleInformation-Dialog: Es werden jetzt QC-Werte aus der NGSD angezeigt.
SampleInformation-Dialog: Es wird jetzt das Datum von BAM-, VCF- und GSvar-Datei angezeigt.
Report: MAF aus 1000 Genomes und ESP6500 bei den wichtigen Varianten hinzugefügt.

NGSD-Anbindung: Validierungs-Details werden in den Kommentar geschrieben, wenn eine Varianten-Validierung angefordert wird.
NGSD-Anbindung: Verbessertes Handling von Datenbankfehlern, z.B. bei Windows-Benutzernamen die nicht inder NGSD sind oder bei fehlende Varianten.

NGSD-Annotation: Fehler entfernt durch den bei InDels die Anzahl der Beobachtungen einer Variante in der NGSD überschätzt werden konnte, wenn das selbe InDel in einem Fenster von +-100 Basen nochmal vorhanden war.
NGSD-Annotation: Beim Setzen einer VUS-Klassifizierung werden jetzt User und Datum mit gespeichert. Diese Informationen werden dann in der NGSD angezeigt.
SampleInformation-Dialog: Wenn der Diagnostikstatus auf 'repeat...' gesetzt wird, wird automatisch ein neues 'processed sample' in die NGSD eingetragen.
Allgemein: Die Koordinaten und der Basenaustausch einer Variante wird jetzt immer als ToolTip angezeigt.
Allgemein: Die VUS kann jetzt für mehrere Varianten gleichzeitig gesetzt werden (wenn mehrere Zeilen ausgewählt sind).
Report: Textreport entfernt, dafür optionale Variantendetails am Ende des HTML-Reports hinzugefügt.

NGSD-Annotation: Varianten aus Tumorproben werden nicht mehr gezählt.
NGSD-Annotation: Varianten aus verschiedenen Läufen der selben Probe werden nur noch ein Mal gezählt.
SampleInformation-Dialog: Diagnostik-Status zum Wiederholen des Laufs hinzugefügt.
SampleInformation-Dialog: Der Dialog wird erst nach dem Hauptfenster geöffnet.
SampleInformation-Dialog: Der Reanalysestatus wird automatisch alle 5 Sekunden aktualisiert.
Report: Der HTML-Report wird automatisch in den Ordner M:/Diagnostik/GSvarReportsArchive/ kopiert.
Filter: Der Filter "chrM: MAF<98%" wurde zu den Standardfiltern hinzugefügt.
Allgemein: Wenn die geladene Datei sich auf der Festplatte ändert, wird sie automatisch neu geladen nachdem der User informiert wurde.

Die Annotationsspalte "ihdb_allsys" wird jetzt als zwei Annotationen "ihdb_allsys_hom" und "ihdb_allsys_het" annotiert und die Filter wurden entsprechend angepasst.
Besonders wichtige Varianten werden jetzt im Report separat aufgelistet. Man legt sie im Report-Dialog durch klicken auf das gefüllte Viereck am Anfang der Zeilen fest. Der Haken legt die wichtigsten Varianten fest, das gefüllte Viereck andere relevante Varianten und Varianten ohne Haken/Viereck kommen nicht in den Report.
Zum Erstellen eines Reports wird jetzt die HGMD-Annotation der Varianten benötigt. Wenn eine Probe diese nicht hat, einfach über den "Sample Information Dialog" neu rechnen (ab "annotation").